Pada mulanya lambang IQMA dibuat oleh Ustadz Zaidi Abdad , dengan makna filosofi logonya adalah Al Qur`an di tengah-tengah maknanya agar anggota IQMA bisa mewarnai kampus, simpul ikatan dengan jumlah yang sama dengan tanggal berdirinya. Kemudian ada gambar masjid dikampus dengan maksud dan makna agar terjalinnya interkoneksi dan integrasi antara ilmu kampus dan ilmu Al-Qur`an. Pembahasan terkait lambing IQMA ternyata masih belum final, pada masa u st . Zainul Arifin Madzkur yang saat itu bersama Ust. Muhammad Abdul Wahib (Ketua IQMA periode 1996-1997) berkeinginan untuk membuat logo IQMA yang dikarenakan beliau tidak menge tahui mengenai logo IQMA yang digunakan pada periode kepengurusan Ustadz Zaidi Abdad. Yang jelas selama Ustadz Zainul Arifin Madzkur memegang jabatan kepengurusan bersama Ustadz Muhammad Abdul Wahib pada tahun 1996 itu memakai logo IAIN Sunan Ampel Surabaya. Bahkan penyantuman logo tersebut mereka gunakan ketika hendak me